تحقیقات علمی همیشه شامل یک روش است. انتخاب روش و پیروی از قوانین آن بخش‏‌های اساسی فرایند تحقیق است. انتخاب روش تحقیق بر سایر زمینه‌های فرایند تحقیق نیز تأثیر می‏‌گذارد. بنابراین، یک روش را می‌توان در فرایند تحقیق به عنوان یک فرایند فرعی کامل که شامل انتخاب و پیروی از یک استراتژی تحقیق خاص، روش جمع آوری داده‌‏ها و روش تجزیه و تحلیل داده‌‏ها است؛ درک کرد. همه انتخاب‏‌ها در مورد فرایند روش‌‏شناختی از دیدگاه‌‏های وسیع‌تری از تفکر علمی پیروی می‏‌کنند. فلسفه علم زمینه انتخاب روش‌‏ها را تشکیل می‏‌دهد. بخش اساسی تفکر روش شناختی و علمی درک موقعیت تحقیق در سنت فلسفه علم است. در زمینه انواع روش‌های تحقیق و فرایند پژوهش، طبقه‌‏بندی‏‌هایی ارائه شده است.

تیم محتوای کلینیک روش تحقیق در ابتدا طبقه‌بندی koppa.jyu.fi را مبنا قرار داد که در آن نقشه جامعی از روش تحقیق ارائه شده بود و لذا محتوای سایت ترجمه شد. نقشه جامع احصاءشده به صورت تک به تک به خبرگان و متخصصان روش تحقیق ارائه شد. خبرگان به بررسی نقشه جامع روش تحقیق پرداختند و بر اساس دانش و تجربه خود، طبقه‌‏بندی‏‏‏‌های دیگری را برای تکمیل محتوا ارائه نمودند که از جمله آن‏‌ها می توان به پیاز پژوهش و نقشه جامع روش‏شناسی‌‏های علوم انسانی و اجتماعی به ابتکار دکتر مهدی حمزه‌‏پور اشاره کرد.

در نهایت با همکاری خبرگان، مدل نهایی نقشه جامع روش تحقیق که در سایت ارائه شده است؛ تدوین و ارائه شد. این نقشه دارای پنج بخش است:

1. اهداف
2. راهبردها
3. جمع‌‏آوری داده‌‏ها
4. تحلیل داده‌‏ها
5. مبانی فلسفی

در ادامه تیم محتوا با همکاری خبرگان به بررسی نقشه جامع و ارتباط بین اجزای آن مانند ارتباط بین یک هدف و روش تحلیل داده پرداختند و در نتیجه الگوریتم پیشنهاد روش تدوین شد. به این صورت که با پاسخ به چند سؤال در مورد بخش‌‏های مختلف تحقیق مانند اهداف، راهبردها، روش جمع‌‏آوری داده و مبانی فلسفی، چند روش تحلیل داده متناسب با پژوهش پیشنهاد داده خواهد شد.

خبرگان و متخصصین روش تحقیقی که در این مسیر، کلینیک روش تحقیق را یاری نمودند:

• دکتر بابک حمیدیا
• دکتر محمد نوروزی
• دکتر اسدالله گنجعلی
• دکتر روح‌‏الله رازینی
• دکتر مهدی حمزه‌‏پور
• دکتر رضا بنی‏‌اسد
• دکتر پویا پیرملکی
• دکتر محمّدرضا ذوالفقاریان
• دکتر محمّدمهدی علیشیری
• دکتر سید مجتبی امامی
• دکتر حسین بختیاری​